Andonis Foniadakis wuchs auf der Insel Kreta auf, wo er auch seinen ersten Tanzunterricht erhielt. Er absolvierte ein Studium an der Staatlichen Ballettschule in Athen und wechselte dann mit dem Maria Callas Stipendium zu Rudra-Béjart nach Lausanne, wo er 1994 seinen Abschluss machte. Noch im selben Jahr wurde er von Maurice Béjart an das Béjart Ballet Lausanne engagiert, wechselte für sechs Jahre zum Lyon Opéra Ballet unter der Direktion von Yorgos Loukos und tanzte für Saburo Teshigawara. In dieser Zeit verkörperte er Partien in Balletten von Maguy Marin, Jirí Kilián, William Forsythe, Dominique Boivin, Nacho Duato, Mats Ek, Maurice Béjart, Ohad Naharin, Fréderic Flamand, Tero Saarinen, Joachim Schlömer, John Jasperse und Saburo Teshigawara. Als freischaffender Choreograf arbeitete er mit zahlreichen Ballettcompagnien zusammen, darunter der Companía Nacional de Dansa de Espania, dem Royal New Zealand Ballet, der Martha Graham Dance Company, dem Ballet de Geneve, dem Lyon Opéra Ballet, dem Opera Ballet Vlaanderen, der Rambert Dance Company, der Gauthier Dance Company, dem Staatstheater am Gärtnerplatz, dem Ballet du Rhin, Les Ballets Jazz de Montréal, der Sydney Dance Company, der National Dance Company of Wales, der Dansgroep Amsterdam, dem Balé da Cidade de Sao Paulo, der Helsinki Dance Company Finland, dem National Ballet of Greece, dem National Theater of Northern Greece, der Benjamin Millepied Dance Company USA sowie dem Washington Ballet. Neben Kreationen für das Ballett hat er ebenso Choreografien für Opern geschaffen, darunter am Théâtre de Champs Elysées in Castor und Pollux von Jean-Philippe Rameau. 2012 wurde er mit dem Danza & Danza Award für die beste Choreografie ausgezeichnet. Für seine Kreation Les Noces beim Ballett der Opera di Firenze erhielt er den Maggio Danza und 2018 wurde ihm der Kritikerpreis vom Verband für Musik und Theater von Griechenland für sein abendfüllendes Ballett Galaxy verliehen. 2016 übernahm er für zwei Spielzeiten die Leitung des Griechischen Nationalballetts. Mit der 2003 gegründeten Compagnie Apotosoma-Andonis Foniadakis mit Sitz in Lyon zeigt er bis heute seine Stücke, darunter sieben abendfüllende Ballette wie z. B. Rite of Spring oder Romeo and Juliet.