Franziska Autzen studierte Literatur- und Medienwissenschaften, Germanistik und Skandinavistik in Kiel. Sie war Regieassistentin am Thalia Theater Hamburg, wo sie auch ihre ersten eigenen Arbeiten verwirklichte, u. a. Isabelle H. geopfert wird immer von Thomas Köck, Auerhaus von Bov Bjerg und Im Herzen der Gewalt von Èdouard Louis. Ab der Spielzeit 2020/21 ist Franziska Autzen Hausregisseurin am Theater Konstanz.
Am Schauspiel Hannover inszeniert sie in der Spielzeit 2020/21 Der Ursprung der Welt nach dem Comic von Liv Strömquist.