Christian Stückl gründete nach einer Ausbildung zum Holzbildhauer 1981 seine eigene Theatergruppe in seiner Geburtsstadt Oberammergau. Seit 1987 ist er Spielleiter der dortigen Passionsspiele, die er 2022 zum vierten Mal leitete.

Gleich zu Beginn seiner Theaterlaufbahn als Assistent von Dieter Dorn und Volker Schlöndorff an den Münchner Kammerspielen wurde er 1991 für seine erste Regiearbeit von der Zeitschrift Theater heute zum Nachwuchsregisseur des Jahres ausgezeichnet. Als freier Regisseur arbeitete er seither u. a. in Hannover, Frankfurt, Bonn, Wien, Zürich. Zwischen 2002 und 2012 inszenierte er elf Mal die Salzburger Festspielinszenierung des Jedermann von Hugo von Hofmannsthal. Seit 2002 ist Christian Stückl Intendant des Münchner Volkstheaters, dessen Neubau im Schlachthofviertel er 2021 eröffnete.

Zudem bringt er seit 2011 jährlich ein Schauspiel oder eine Oper im Passionstheater Oberammergau zur Premiere. Als Opernregisseur inszenierte er außerdem 2009 an der Bayerischen Staatsoper Hans Pfitzners Palestrina und 2014 Mirandolina von Bohuslav Martinů, 2011/12 an der Staatsoper Hamburg Ariadne auf Naxos von Richard Strauss.

Christian Stückl ist Träger zahlreicher wichtiger Auszeichnungen, u. a. des Oberbayerischen Kulturpreises, des Bayerischen Verdienstordens, des Großen Verdienstzeichen des Landes Salzburg sowie des Oberbayerischen Integrationspreises. Ihm wurden der Theaterpreis der Landeshauptstadt München, der Abraham-Geiger-Preis für Verdienste um das Judentum in seiner Vielfalt, der Toleranzpreis der Evangelischen Akademie Tutzing, die Buber-Rosenzweig-Medaille und der Isaiah Award for Exemplary Interreligious Leadership verliehen. 2024 wurde Christian Stückl mit dem Bundesverdienstkreuz Erster Klasse geehrt.