Seit der Spielzeit 2020/21 ist Stephan Zilias Generalmusikdirektor der Staatsoper Hannover und Chefdirigent des Niedersächsischen Staatsorchesters Hannover.
In seiner Antrittsspielzeit wurde die Staatsoper Hannover als „Bestes Opernhaus“ bei den Oper! Awards ausgezeichnet. Seither dirigierte er hier neben zahlreichen Konzerten auch eine Reihe von Opernproduktionen, darunter Parsifal, Lear, La Juive, Greek, Carmen, Otello, The Turn of the Screw, Mefistofele, Rusalka und Der Vampyr, welche in der Spielzeit 2021/22 in der Fachzeitschrift Opernwelt als Wiederentdeckung des Jahres nominiert wurde.

In der laufenden Saison dirigiert er Salome, Sommernachtstraum, Greek Passion und Rosenkavalier, außerdem debütiert er mit Freischütz an der Vlaamse Opera in Antwerpen und Gent. Er ist außerdem Juror beim Internationalen Joseph-Joachim-Violinwettbewerb, dessen Finalrunden er zudem selbst dirigiert. Im Juli 2024 debütierte er mit Lohengrin bei den Savonlinna Opernfestspielen in Finnland.
Stephan Zilias pflegt eine enge Beziehung zur Deutschen Oper Berlin, wo er in der in der aktuellen Spielzeit Fidelio und Antikrist dirigiert. Gastengagements führten und führen ihn darüber hinaus an die Oper Leipzig und an das Theater an der Wien.

Ebenso ist er auf der Konzertbühne zu Hause, sein Repertoire erstreckt sich von Schumann bis Dutilleux und von Haydn bis zur Uraufführung zeitgenössischer Werke. Debuts und Wiedereinladungen erfolgten beim Staatsorchester Nürnberg, am Teatro Lirico di Cagliari, dem Zürcher Kammerorchester, dem Berner Symphonieorchester, den Bremer Philharmonikern, dem Orchestre Symphonique de Mulhouse und dem Beethoven Orchester Bonn, sowie beim Radio Filharmonisch Orkest in den Niederlanden.

Stephan Zilias studierte Klavier und Dirigieren in Köln, Düsseldorf und London und ist Associate der Royal Academy of Music London. Zu seinen Lehrern zählten Pierre-Laurent Aimard und Tamara Stefanovich (Klavier), sowie Volker Wangenheim, Rüdiger Bohn und Colin Metters (Dirigieren).