Markus Bothe studierte Musiktheater-Regie in Hamburg und inszenierte Musik- und Sprechtheaterproduktionen unter anderem für die Deutsche Oper Berlin, die Staatsoper Stuttgart, die Semperoper Dresden, die Washington National Opera, die Opéra national du Rhin, die Oper Köln, für das Schauspiel Frankfurt, das Düsseldorfer Schauspielhaus, das Schauspielhaus Hamburg, das Schauspiel Leipzig und das Schauspiel Graz. Unter seinen Regiearbeiten befinden sich auch immer wieder Ur- und Erstaufführungen, etwa von Franz Schrekers Flammen und Salvatore Sciarrinos Infinito nero.
Von 2004 bis 2008 war er Festivalleiter und Mitglied der künstlerischen Leitung der Theaterbiennale „Neue Stücke aus Europa“ am Staatstheater Wiesbaden. 2010 wurde er für seine Frankfurter Inszenierung von Roter Ritter Parzival mit dem Deutschen Theaterpreis „Der Faust“ in der Kategorie „Regie Kinder- und Jugendtheater“ ausgezeichnet. Für das Schauspiel Hannover inszenierte er in der Spielzeit 2020/21 Wolfgang Herrndorfs Bilder deiner großen Liebe. In der Spielzeit 2024/25 übernimmt er die künstlerische Leitung von Die Marquise von O....