Valérie Junker studierte an der Ludwigs-Maximilians-Universität in München Romanistik und Geschichte. Schon während ihres Studiums arbeitete sie an Off-, Stadt- und Staatstheatern als Regieassistentin und Regisseurin sowie auch als Schauspielerin. Sie inszenierte am Gasteig in München Das letzte Feuer von Dea Loher und Fred von Hoerschelmanns Hörspiel Das Schiff Esperanza. Ihr erstes Festengagement als Regieassistentin im Musiktheater führte sie nach Bielefeld an das Stadttheater. Dann zog es sie an das Oldenburgische Staatstheater, wo sie unter anderem auch Die Abreise von Eugen dʼAlbert inszenierte. Anschließend war sie für drei Jahre am Theater St. Gallen engagiert. Weitere Engagements führten sie u. a. zu den Nibelungenfestspielen Worms, an die Opéra Bastille in Paris und zu den Salzburger Festspielen. Sie verbindet eine langjährige Zusammenarbeit mit der Regisseurin Lydia Steier. Des Weiteren arbeitete u. a. mit Regisseur:innen wie Aron Stiehl, Barbora Horáková Joly, Ted Hufman, Elisabeth Stöppler, Fabio Ceresa, Tatjana Gürbaca, Dirk Schmeding und Immo Karaman.
Seit 2021 arbeitet Valérie Junker als Regieassistentin an der Staatsoper Hannover. Die Position der Ersten Spielleitung hat sie seit 2023 inne. Im Februar 2025 zeigt sie mit der Inszenierung von Das Kind der Seehundfrau ihre erste Regiearbeit am Haus.